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Medicinally Yielding PRotein Engineering SimulaTOr

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最新ニュース

myPresto Portal ver.1.1.97 リリース

お知らせ, 更新履歴

機能追加

  • Ab-initio 量子化学計算ソフト platypus-QM による、RESPによる化合物の電荷計算において、RESP/6-31+G** (6-31+G(d,p)) の他に、計算速度の速い RESP/6-31G* (6-31+G(d)) を計算可能にした。
  • platypus-QM プログラムの入力分子に、platypus-QM が未対応の原子名がある場合は、RESP電荷計算ができなかったが、原子名変換を行ってRESP電荷計算を可能にした。
  • GROMACSでのMD計算時に、従来は条件を変えて2連続までMD計算を実行できたが、条件を変えて10連続までのMD計算を実行可能にした。RNAや膜系など壊れやすい系で多段階で丁寧に分子の歪や原子衝突を緩和させるため。
  • ドッキング計算プログラムとしてsievgene2を選択した時に、環配座を生成するか否かを [Generate ring conformers] で選択可能にした。

バグ修正

  • 入力mmcifファイルに5文字以上の残基名があった場合に、PDBファイルに変換する際にカラムずれを起こして、その後の処理が正常にできないバグ修正。
  • sievgene2によるドッキング計算結果の表示リストのRMSD値の誤表示を修正。
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