myPresto Portal ver.1.1.103 リリース

機能追加

• [Preference] – [6.Molecule] のMD計算の力場設定で、力場のデフォルト設定を以下に変更した。
  AMBER ff99SB -> FF_set* (ff99_SB_ILDN_aa, RNA_OL3, DNA_OL15)
  TIP3P -> OPC3
• 膜系の GROMACS による MD計算のデフォルト設定を以下に変更した。
  （GROMACS ver.2022.2 ver.2023.2 での計算を安定させるため。）
  Time step(fsec) 2.0 -> 1.0
  Pressure (bar) 1.0 -> 10.0
  constraints (LINCS) : h-bonds -> none
• GROMACS の MD計算ダイアログで、LINCS の constraints 設定をユーザが可能にした。
• GROMACS の MD計算後に、3D 画面を自動で RESET するよう変更した。